L'hypogonadisme hypogonadotrope est provoqué par des lésions des centres supérieurs de l'axe des hormones gonadiques. Une libération insuffisante d'hormone libérant de la gonadotrophine ou de gonadotrophine par l'hypothalamus ou la glande pituitaire, respectivement, conduit à un sous-développement des caractères sexuels primaires et secondaires.